北京科电微波电子有限公司源于中国科学院电子学研究所所办北京科电微波电子公司。
北京科电微波电子公司创建于1993年5月，其功能主要是实施国家特别批准的中国科学院电子学研究所的进出口权。1994年4月至6月电子所5、6、7、8、9共五个研究室以及所属科电公司医疗仪器部、电子工程部、温控课题组等成建制调整转入微波公司，微波公司进入全面运行和发展阶段。微波公司的建立和发展充分体现了电子所实施科技成果转化和产业化的过程。多年来，微波公司在广大员工共同努力下取得了良好的经济效益和社会效益。2002年10月微波公司完成改制工作，成立了北京科电微波电子有限公司。
北京科电微波电子有限公司以电子所的技术为背景，充分发挥其在激光技术、红光技术、真空技术、电子技术等领域的特色优势，构成电子所产业化工作的重要组成部分。氩离子激光器、铜（金）蒸气激光器、红光治疗仪、专用电子枪组件、电子粉、智能控制等产品和技术在国家大型庆典活动，夜景照明工程，医疗卫生等社会和经济活动中都有良好的表现和前景。
北京科电微波电子有限公司坚持开拓创新，务实发展，与时俱进，大力推进科技成果的转化。进一步加快产品化、产业化、规模化的进程，进一步开展社会化、国际化合作。力求用新的机制、新的方法，迎来新的突破、新的发展。